>AHM345 (AHM345Q) /CSM/AH/AHM3-B/AHM345Q.Seq.d/
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Frame A:
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Frame B:
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Frame C:
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                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AHM345 (AHM345Q) /CSM/AH/AHM3-B/AHM345Q.Seq.d/                        686   0.0
SSA841 (SSA841Q) /CSM/SS/SSA8-B/SSA841Q.Seq.d/                        680   0.0
CHL357 (CHL357Q) /CSM/CH/CHL3-C/CHL357Q.Seq.d/                        678   0.0
AFM622 (AFM622Q) /CSM/AF/AFM6-A/AFM622Q.Seq.d/                        674   0.0
AHA385 (AHA385Q) /CSM/AH/AHA3-D/AHA385Q.Seq.d/                        658   0.0
SFA609 (SFA609Q) /CSM/SF/SFA6-A/SFA609Q.Seq.d/                        597   e-169
CHS406 (CHS406Q) /CSM/CH/CHS4-A/CHS406Q.Seq.d/                        597   e-169
CHQ704 (CHQ704Q) /CSM/CH/CHQ7-A/CHQ704Q.Seq.d/                        597   e-169
CHQ316 (CHQ316Q) /CSM/CH/CHQ3-A/CHQ316Q.Seq.d/                        597   e-169
CHL743 (CHL743Q) /CSM/CH/CHL7-B/CHL743Q.Seq.d/                        597   e-169

                                                             Score    E
Sequences producing significant alignments:                  (bits) Value  N

AL049181|AL049181.4 Plasmodium falciparum DNA *** SEQUENCING IN PROGRESS *** from  MAL13P4.    38   4e-05  15
CR382401|CR382401.1 Plasmodium falciparum chromosome 6, complete sequence; segment 4/5.    38   0.001  16
AC115599|AC115599.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 4229098-4354721 strain AX4, complete sequence.    36   0.002  10
AF279106|AF279106.2 Uncultured marine gamma proteobacterium EBAC31A08 BAC sequence.    36   0.021  8
AC116986|AC116986.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2234041-2567370 strain AX4, complete sequence.    32   0.024  15
AL031745|AL031745.8 Plasmodium falciparum DNA from MAL1P2.         32   0.044  19
AC116957|AC116957.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1685067-2090751 strain AX4, complete sequence.    34   0.084  19
AL445564|AL445564.1 Mycoplasma pulmonis (strain UAB CTIP) complete genome; segment 2/3.    32   0.097  16
AC116305|AC116305.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1005175-1418323 strain AX4, complete sequence.    32   0.10   19
AL844506|AL844506.1 Plasmodium falciparum chromosome  7.           38   0.11   21

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AF020285_1(AF020285|pid:none) Dictyostelium discoideum DG1062 ge...    52   7e-05
CP000879_287(CP000879|pid:none) Petrotoga mobilis SJ95, complete...    37   1.7
(O00841) RecName: Full=Putative transcriptional regulator cudA;        37   2.2
AM910988_67(AM910988|pid:none) Plasmodium knowlesi strain H chro...    36   3.8
AY501886_1(AY501886|pid:none) Plasmodium vivax strain Thailand-N...    35   4.9
CP001140_772(CP001140|pid:none) Desulfurococcus kamchatkensis 12...    35   6.4
AM270196_50(AM270196|pid:none) Aspergillus niger contig An09c007...    35   8.4

 psg: 0.98  gvh: 0.41  alm: 0.33  top: 0.80  tms: 0.00  mit: 0.36  mip: 0.08
 nuc: 0.05  erl: 0.00  erm: 0.00  pox: 0.00  px2: 0.00  vac: 0.00  rnp: 0.00
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 dna: 0.00  rib: 0.00  bac: 0.00  m1a: 0.00  m1b: 0.00  m2 : 0.00  mNt: 0.00
 m3a: 0.00  m3b: 0.00  m_ : 1.00 

	 40.0 %: mitochondrial
	 36.0 %: nuclear
	 16.0 %: cytoplasmic
	  8.0 %: cytoskeletal

>> prediction for AHM345 is mit

>AHM345F.Seq
CTGTTGGCCTACTGGNAATTTTTTATTATTCCATTATTTTTATTTACATTAAAGTGTCGT
ACCACTATCACATATCATCTAATCTAGTGACTTTAAATAGTAGTAATTATTTCTTTGTAG
GAACTACACTATTTACAATTTATCAATAAAAAAATAAAAAAATAAATAATAAAAAAAATA
AAAAATAATCAAAAAGACTTTTATTTTTCGTATCGTGTAATAAATAAATATTGATATCGA
TAATAGTAATCAATCCTTTGAGGAGGAGAAGCGCACCTGTGTGATTTTTAACAACAAATA
AACAATATACCAAAAATAAAAAAAATAAAAAATAAAAAACAATAAATTATAATAATAATA
ATAAAAAAAACAATCAAATCAGAAACCTTTATTTAATTTAAATAATTTTAAATTTTTTTA
TTTTTTTTATTTTATTTTATTTCAAAACACTTTATATATATTTTTTTTAATTTTAATTTG
TTTTTTTAAATTTAATTCATCATAATTAAATCTTAAACCAAAAATAAATTTATTTTTAAA
TCTTTAAAATAATTATTTTATTTATTTATTTATTTATTTTTAAACACAAACACACACACA
AAAACACACACACACACACACACACAAAANNNNNNNNNN

>AHM345Z.Seq
NNNNNNNNNNGGGATGTATTAATGGTGGTAATTCAATTTTATCATTTCCAATTCGTGTTG
TTTCAAAAGTTGATCATATTAAAAAGGATCCAAATGGTGTTTGTGAAAAGAAACAAACCT
TTATCGATATCCTTACCGACCGTTTATCATCTTTAGAAAACTTACATTTAACACAATCTG
CATTGTTATCAAATATGTTAAAAGAAAGAGGTATACCCGAATCTGAATATTCATTTTCTG
AATATTCTGAACCTGAATTAATATCATGTGCATTTTCAACTTCACCACCTTCTTCACCAT
TTTCAATTAGTGGTGGTGGCGGCAGTGGTGGTATTCCATCTCAAAGTGGTATAATTAAAA
AACATAAAAAACCATCTGGATCATCAGGATATGGAGATAATAAAAATACTGCTGAAAGAT
TTTTAGAATGCTTTAATAGAGTAATTAAAGTTTATAAAGAACATTATGGAAAGAAATCTT
TTGAACTTTCAAAATTCATAAGTAGTTTAGATAATGATGAAAAAAATATATTGGTTGATC
TATTAGAATCTTTTACTTTTGATGAATCCTCTCAAGTAAAATCATTAGATAATAATGATC
ATTGTGAAGATTGTAATTGTGAAACTTGTCCATATAAACAACAAGCTGAACAATTTATGT
TATTATCTCCTGTAATTTGTTTCCCTTCACCTGCAATTAAATCTTCAAATAATACAAATA
ATACAAATAATACAAATAATACAAATAATAATACTGTTGTAACAATTTAATTAATAAAAA
TTAAAAATTATAAAATT

>AHM345P.Seq
CTGTTGGCCTACTGGNAATTTTTTATTATTCCATTATTTTTATTTACATTAAAGTGTCGT
ACCACTATCACATATCATCTAATCTAGTGACTTTAAATAGTAGTAATTATTTCTTTGTAG
GAACTACACTATTTACAATTTATCAATAAAAAAATAAAAAAATAAATAATAAAAAAAATA
AAAAATAATCAAAAAGACTTTTATTTTTCGTATCGTGTAATAAATAAATATTGATATCGA
TAATAGTAATCAATCCTTTGAGGAGGAGAAGCGCACCTGTGTGATTTTTAACAACAAATA
AACAATATACCAAAAATAAAAAAAATAAAAAATAAAAAACAATAAATTATAATAATAATA
ATAAAAAAAACAATCAAATCAGAAACCTTTATTTAATTTAAATAATTTTAAATTTTTTTA
TTTTTTTTATTTTATTTTATTTCAAAACACTTTATATATATTTTTTTTAATTTTAATTTG
TTTTTTTAAATTTAATTCATCATAATTAAATCTTAAACCAAAAATAAATTTATTTTTAAA
TCTTTAAAATAATTATTTTATTTATTTATTTATTTATTTTTAAACACAAACACACACACA
AAAACACACACACACACACACACACAAAA----------GGGATGTATTAATGGTGGTAA
TTCAATTTTATCATTTCCAATTCGTGTTGTTTCAAAAGTTGATCATATTAAAAAGGATCC
AAATGGTGTTTGTGAAAAGAAACAAACCTTTATCGATATCCTTACCGACCGTTTATCATC
TTTAGAAAACTTACATTTAACACAATCTGCATTGTTATCAAATATGTTAAAAGAAAGAGG
TATACCCGAATCTGAATATTCATTTTCTGAATATTCTGAACCTGAATTAATATCATGTGC
ATTTTCAACTTCACCACCTTCTTCACCATTTTCAATTAGTGGTGGTGGCGGCAGTGGTGG
TATTCCATCTCAAAGTGGTATAATTAAAAAACATAAAAAACCATCTGGATCATCAGGATA
TGGAGATAATAAAAATACTGCTGAAAGATTTTTAGAATGCTTTAATAGAGTAATTAAAGT
TTATAAAGAACATTATGGAAAGAAATCTTTTGAACTTTCAAAATTCATAAGTAGTTTAGA
TAATGATGAAAAAAATATATTGGTTGATCTATTAGAATCTTTTACTTTTGATGAATCCTC
TCAAGTAAAATCATTAGATAATAATGATCATTGTGAAGATTGTAATTGTGAAACTTGTCC
ATATAAACAACAAGCTGAACAATTTATGTTATTATCTCCTGTAATTTGTTTCCCTTCACC
TGCAATTAAATCTTCAAATAATACAAATAATACAAATAATACAAATAATACAAATAATAA
TACTGTTGTAACAATTTAATTAATAAAAATTAAAAATTATAAAATT