SFJ381 [Dicty_cDB - Dictyostelium discoideum cDNA Clone Overview]

SFJ381
Library	SF (Link to library)
Clone ID	SFJ381 (Link to dictyBase)
Atlas ID	-
NBRP ID	-
dictyBase ID	-
Link to Contig	Contig-U11930-1
Original site URL	http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/CSM/SF/SFJ3-D/SFJ381Q.Seq.d/
Representative seq. ID	SFJ381P (Link to Original site)
Representative DNA sequence	>SFJ381 (SFJ381Q) /CSM/SF/SFJ3-D/SFJ381Q.Seq.d/ AATATTATATTTGCTTACAAATAAATAATTCATATATGTATAAATTAAGTGACCCATTTA ATTATAAAAATGATAGTAATTATGCAAATAATAAACCAAATGAATTTTGGGATGAAGTTG CAAAGAAAAATATTTATTGGGATAAAATTTATGATAAAGTCTACAGTGGTGATGAAATTT ATCCTGATTGGTTCCAAGGAGGTAAATTTAATTCATGTTATAATGTTTTGGATATAAATG TTAATAATCCATTAAAAAGGGATCAAGTGGCAATAATTTATGAATGTCCATATTTAAAAA AAACAATAGAATTGACTTATAATCAACTATTTGAAAAAGTATGTGAATTTTCAAGAGTAC TTTTAAATTTAAATATTACAAAAGATGACAATGTTTTAATTTGTATGGCACCAACATTAG AACCAATTATTGCAATGTTATCATGCGCTCGTATTGGTGCAACTCATTGTGTAATATATG ATAGCTATAGTATAAATACATTGGTCGGTATAATTGAAGAAATAACACCTAAATTAATAT TATCATCAAATTTTACTATTATTAATGATACAGTTGTAGAGTTTACAACAAATTTAAAAA ATGCAATTGAAATAXXXXXXXXXXTCTGCTTGTGGTGTACCTGCGGTTTTCATAAAACCA GTAATACTATCACCTGTAGATGGTAAAGAATTAAGTGAAAATGAAATTGGTGAAATTTCA TTTAAATTACCAATGCCACCAAGTTTTGCAACTACATTTTATAAAAAAGATGAAAAATTT AAACAATTGTTTAGCAAATATAAAGGTTATTATAATTCTGGTGATTTAGGATTTAAAGAT AATAATGGATATTTTAGTGTAATTTCAAGAATAGAAGATCAATTAACTTTAAATGATGGA AAATCAATTATATTAAATAAAATTGAAAGTTCAATTTTAAAACATCCATTAGTTTTAGAA TGTTGTTCATTTGCTCTTGAAAATTTAAATCAATTAGTTGCATTATTGGTTTTAAAAAAT GCTGATGATCATCATCATATTGATATGAATCATCTAAAAAATGAAATTAATTTAATAATT TCAAATGATTTTAATCCATCTACTTCTTTAAGTAAAATTATAATTATTCCTGAATTACCA ATATCAATTAATGGGAAAATTATAAGATCTGTCATATCAAAATTTATAAATAATTCAAAT TATCAATTACCTGAAAATATTGGTGATTTGAAATTATTTTATAACATCAAGAATTTATGT AAACAATAATAATATCTTAATAAAATAATTTAATTAAAAATAAAAAAATAAAATTAAAGA ACCTT
sequence update	2001. 6. 1
Translated Amino Acid sequence	YYICLQINNSYMYKLSDPFNYKNDSNYANNKPNEFWDEVAKKNIYWDKIYDKVYSGDEIY PDWFQGGKFNSCYNVLDINVNNPLKRDQVAIIYECPYLKKTIELTYNQLFEKVCEFSRVL LNLNITKDDNVLICMAPTLEPIIAMLSCARIGATHCVIYDSYSINTLVGIIEEITPKLIL SSNFTIINDTVVEFTTNLKNAIEI--- ---SACGVPAVFIKPVILSPVDGKELSENEIGEISFKLPMPPSFATTFYKKDEKFKQLFS KYKGYYNSGDLGFKDNNGYFSVISRIEDQLTLNDGKSIILNKIESSILKHPLVLECCSFA LENLNQLVALLVLKNADDHHHIDMNHLKNEINLIISNDFNPSTSLSKIIIIPELPISING KIIRSVISKFINNSNYQLPENIGDLKLFYNIKNLCKQ*ylnkiilkikknrt
Translated Amino Acid sequence (All Frames)	Frame A: niifaykiihicinvthliikmivimqiinqmnfgmklqrkifigikfmikstvvmkf iligskevnlihvimfwimliihkgikwqfmnvhikkqnliinylkkyvnfqey fiilqkmtmffvwhqhnqllqcyhalvlvqlivymiaivihwsvlkkhlny yhqillllmiqlslqqikmqlk--- ---SACGVPAVFIKPVILSPVDGKELSENEIGEISFKLPMPPSFATTFYKKDEKFKQLFS KYKGYYNSGDLGFKDNNGYFSVISRIEDQLTLNDGKSIILNKIESSILKHPLVLECCSFA LENLNQLVALLVLKNADDHHHIDMNHLKNEINLIISNDFNPSTSLSKIIIIPELPISING KIIRSVISKFINNSNYQLPENIGDLKLFYNIKNLCKQylnkiilkikknrt Frame B: ilylltnkfiyvikpilklcktkilgsckekyllgnlslqwnl slvprrifmlcfgykcsikkgssgnnlmsifkknnridlstiksmifkst fkfkyykrqcfnlygtnirtnycnvimrsywcnslcni*lykyigrynrnntini iikfyyy*yscrvynkfkkcnn--- ---llvvylrfsnqyyhlmvknvkmklvkfhlnyqchqvlqlhfikkmknlnncla nikviiilvidlkiimdilvfqekinlmmenqlyiklkvqfnihfnvvhll lkiinlhywfkmlmiiiiliiikmkli*fqmilihlllvkllflnyqyqlmg kldlsyqnliiqiinylkilvinyfitsriyvnnnnilikfnkknkikep Frame C: YYICLQINNSYMYKLSDPFNYKNDSNYANNKPNEFWDEVAKKNIYWDKIYDKVYSGDEIY PDWFQGGKFNSCYNVLDINVNNPLKRDQVAIIYECPYLKKTIELTYNQLFEKVCEFSRVL LNLNITKDDNVLICMAPTLEPIIAMLSCARIGATHCVIYDSYSINTLVGIIEEITPKLIL SSNFTIINDTVVEFTTNLKNAIEI--- ---clwctcgfhktsntitcrwrikknwnfiitnatkfcnyilkrkitivq irllfwfrir*wifcnfknrrsinfkwkinyiknkfnfktsisfrmlfics kfksisciigfkkc*sssyyesskknfnnfkfsiyffknynysitninwe nykichikiykfklsitkywfeiilhqefmtiiis**nnliknkkiklknl
Homology vs CSM-cDNA	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value SFJ381 (SFJ381Q) /CSM/SF/SFJ3-D/SFJ381Q.Seq.d/ 2397 0.0 CHI773 (CHI773Q) /CSM/CH/CHI7-D/CHI773Q.Seq.d/ 1267 0.0 CHQ774 (CHQ774Q) /CSM/CH/CHQ7-D/CHQ774Q.Seq.d/ 1241 0.0 SFE240 (SFE240Q) /CSM/SF/SFE2-B/SFE240Q.Seq.d/ 1201 0.0 SFK128 (SFK128Q) /CSM/SF/SFK1-B/SFK128Q.Seq.d/ 1170 0.0 SHC514 (SHC514Q) /CSM/SH/SHC5-A/SHC514Q.Seq.d/ 1162 0.0 SFA775 (SFA775Q) /CSM/SF/SFA7-D/SFA775Q.Seq.d/ 995 0.0 SSK241 (SSK241Q) /CSM/SS/SSK2-B/SSK241Q.Seq.d/ 961 0.0 SFD694 (SFD694Q) /CSM/SF/SFD6-D/SFD694Q.Seq.d/ 868 0.0 CHE161 (CHE161Q) /CSM/CH/CHE1-C/CHE161Q.Seq.d/ 823 0.0
own update	2004.12.25
Homology vs DNA	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value N AC116984\|AC116984.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2567470-3108875 strain AX4, complete sequence. 198 e-146 29 AC115577\|AC115577.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 4657875-4914984 strain AX4, * SEQUENCING IN PROGRESS , 1 ordered piece. 174 e-111 23 AC116982\|AC116982.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 3622643-3879522 strain AX4, SEQUENCING IN PROGRESS *, 1 ordered piece. 94 5e-57 24 AL844507\|AL844507.1 Plasmodium falciparum chromosome 8. 44 3e-19 28 AL844505\|AL844505.1 Plasmodium falciparum chromosome 6. 40 5e-17 30 AL929357\|AL929357.1 Plasmodium falciparum strain 3D7, chromosome 9; segment 3/5. 38 4e-16 28 AL929352\|AL929352.1 Plasmodium falciparum strain 3D7, chromosome 5, segment 2/4. 34 5e-16 29 AB063522\|AB063522.2 Wigglesworthia brevipalpis DNA, complete genome, section 2/2. 34 5e-16 27 AE014842\|AE014842.1 Plasmodium falciparum 3D7 chromosome 11 section 7 of 8 of the complete sequence. 38 5e-16 26 AC116986\|AC116986.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2234041-2567370 strain AX4, complete sequence. 38 6e-16 29
dna update	2004. 1. 5
Homology vs Protein	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value AC116984_182(AC116984\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromos... 312 2e-83 AC116984_181(AC116984\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromos... 303 7e-81 AC116984_184(AC116984\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromos... 300 6e-80 AC116984_172(AC116984\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromos... 285 2e-75 AC116984_175(AC116984\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromos... 284 4e-75 AC116984_180(AC116984\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromos... 283 9e-75 AC116984_173(AC116984\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromos... 280 1e-73 AC116984_174(AC116984\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromos... 279 2e-73 EU016572_17(EU016572\|pid:none) Uncultured marine microorganism H... 124 7e-27 CP001488_1639(CP001488\|pid:none) Brucella melitensis ATCC 23457 ... 119 3e-25
protein update	2009. 5.26
PSORT	psg: 0.76 gvh: 0.11 alm: 0.32 top: 0.60 tms: 0.07 mit: 0.26 mip: 0.00 nuc: 0.00 erl: 0.00 erm: 0.60 pox: 0.00 px2: 0.00 vac: 0.00 rnp: 0.00 act: 0.00 caa: 0.00 yqr: 1.00 tyr: 0.00 leu: 0.02 gpi: 0.00 myr: 0.00 dna: 0.00 rib: 0.00 bac: 0.00 m1a: 0.00 m1b: 1.00 m2 : 0.00 mNt: 0.00 m3a: 0.00 m3b: 0.00 m_ : 0.00 32.0 %: cytoplasmic 28.0 %: nuclear 16.0 %: mitochondrial 8.0 %: plasma membrane 8.0 %: endoplasmic reticulum 4.0 %: vesicles of secretory system 4.0 %: peroxisomal >> prediction for SFJ381 is cyt
5' end seq. ID	SFJ381F
5' end seq.	>SFJ381F.Seq AATATTATATTTGCTTACAAATAAATAATTCATATATGTATAAATTAAGTGACCCATTTA ATTATAAAAATGATAGTAATTATGCAAATAATAAACCAAATGAATTTTGGGATGAAGTTG CAAAGAAAAATATTTATTGGGATAAAATTTATGATAAAGTCTACAGTGGTGATGAAATTT ATCCTGATTGGTTCCAAGGAGGTAAATTTAATTCATGTTATAATGTTTTGGATATAAATG TTAATAATCCATTAAAAAGGGATCAAGTGGCAATAATTTATGAATGTCCATATTTAAAAA AAACAATAGAATTGACTTATAATCAACTATTTGAAAAAGTATGTGAATTTTCAAGAGTAC TTTTAAATTTAAATATTACAAAAGATGACAATGTTTTAATTTGTATGGCACCAACATTAG AACCAATTATTGCAATGTTATCATGCGCTCGTATTGGTGCAACTCATTGTGTAATATATG ATAGCTATAGTATAAATACATTGGTCGGTATAATTGAAGAAATAACACCTAAATTAATAT TATCATCAAATTTTACTATTATTAATGATACAGTTGTAGAGTTTACAACAAATTTAAAAA ATGCAATTGAAATA----------
Length of 5' end seq.	614
3' end seq. ID	SFJ381Z
3' end seq.	>SFJ381Z.Seq ----------TCTGCTTGTGGTGTACCTGCGGTTTTCATAAAACCAGTAATACTATCACC TGTAGATGGTAAAGAATTAAGTGAAAATGAAATTGGTGAAATTTCATTTAAATTACCAAT GCCACCAAGTTTTGCAACTACATTTTATAAAAAAGATGAAAAATTTAAACAATTGTTTAG CAAATATAAAGGTTATTATAATTCTGGTGATTTAGGATTTAAAGATAATAATGGATATTT TAGTGTAATTTCAAGAATAGAAGATCAATTAACTTTAAATGATGGAAAATCAATTATATT AAATAAAATTGAAAGTTCAATTTTAAAACATCCATTAGTTTTAGAATGTTGTTCATTTGC TCTTGAAAATTTAAATCAATTAGTTGCATTATTGGTTTTAAAAAATGCTGATGATCATCA TCATATTGATATGAATCATCTAAAAAATGAAATTAATTTAATAATTTCAAATGATTTTAA TCCATCTACTTCTTTAAGTAAAATTATAATTATTCCTGAATTACCAATATCAATTAATGG GAAAATTATAAGATCTGTCATATCAAAATTTATAAATAATTCAAATTATCAATTACCTGA AAATATTGGTGATTTGAAATTATTTTATAACATCAAGAATTTATGTAAACAATAATAATA TCTTAATAAAATAATTTAATTAAAAATAAAAAAATAAAATTAAAGAACCTT
Length of 3' end seq.	701
Connected seq. ID	SFJ381P
Connected seq.	>SFJ381P.Seq AATATTATATTTGCTTACAAATAAATAATTCATATATGTATAAATTAAGTGACCCATTTA ATTATAAAAATGATAGTAATTATGCAAATAATAAACCAAATGAATTTTGGGATGAAGTTG CAAAGAAAAATATTTATTGGGATAAAATTTATGATAAAGTCTACAGTGGTGATGAAATTT ATCCTGATTGGTTCCAAGGAGGTAAATTTAATTCATGTTATAATGTTTTGGATATAAATG TTAATAATCCATTAAAAAGGGATCAAGTGGCAATAATTTATGAATGTCCATATTTAAAAA AAACAATAGAATTGACTTATAATCAACTATTTGAAAAAGTATGTGAATTTTCAAGAGTAC TTTTAAATTTAAATATTACAAAAGATGACAATGTTTTAATTTGTATGGCACCAACATTAG AACCAATTATTGCAATGTTATCATGCGCTCGTATTGGTGCAACTCATTGTGTAATATATG ATAGCTATAGTATAAATACATTGGTCGGTATAATTGAAGAAATAACACCTAAATTAATAT TATCATCAAATTTTACTATTATTAATGATACAGTTGTAGAGTTTACAACAAATTTAAAAA ATGCAATTGAAATA----------TCTGCTTGTGGTGTACCTGCGGTTTTCATAAAACCA GTAATACTATCACCTGTAGATGGTAAAGAATTAAGTGAAAATGAAATTGGTGAAATTTCA TTTAAATTACCAATGCCACCAAGTTTTGCAACTACATTTTATAAAAAAGATGAAAAATTT AAACAATTGTTTAGCAAATATAAAGGTTATTATAATTCTGGTGATTTAGGATTTAAAGAT AATAATGGATATTTTAGTGTAATTTCAAGAATAGAAGATCAATTAACTTTAAATGATGGA AAATCAATTATATTAAATAAAATTGAAAGTTCAATTTTAAAACATCCATTAGTTTTAGAA TGTTGTTCATTTGCTCTTGAAAATTTAAATCAATTAGTTGCATTATTGGTTTTAAAAAAT GCTGATGATCATCATCATATTGATATGAATCATCTAAAAAATGAAATTAATTTAATAATT TCAAATGATTTTAATCCATCTACTTCTTTAAGTAAAATTATAATTATTCCTGAATTACCA ATATCAATTAATGGGAAAATTATAAGATCTGTCATATCAAAATTTATAAATAATTCAAAT TATCAATTACCTGAAAATATTGGTGATTTGAAATTATTTTATAACATCAAGAATTTATGT AAACAATAATAATATCTTAATAAAATAATTTAATTAAAAATAAAAAAATAAAATTAAAGA ACCTT
Length of connected seq.	1315
Full length Seq ID	-
Full length Seq.	-
Length of full length seq.	-

Dicty_cDB - Dictyostelium discoideum cDNA Clone Overview

Dicty_cDB

Atlas

Dicty_cDB - Dictyostelium discoideum cDNA Clone Overview

Dicty_cDB

Atlas