>AFO319 (AFO319Q) /CSM/AF/AFO3-A/AFO319Q.Seq.d/
CGCAATTTCTCCAACTACCATCCAATTCCAATACCCAGTTAATGGAGCAGGTACCTATCA
ATTAATTTATTTTGTTGGTGGATTCGAATATAAAACAAATGTTACCTATATAACTTCACC
TCCACCACAAGTTATTTATAAATATGAATGGACAACCGATGATAGATTAATAATAAATGG
TAAATGGTTTGGATATTATGATTCAAACGTTATAGTTCTCAATGATGATGTATATCAAGT
TAATAGTGCAGTTGCATCTTCAACAAATCCAGGTTATGATAGTATAAGTTTATCAAGTTT
TTCACCAACAAGTTCACTTTCAATTGGTCAAGCATTTACCATCAAAGTAATGGTTCAAGG
TCAATCATCAAATGTAATTACATTTAATTATATTGATTCAATTAAAGTTGATGTAAAAGA
TCTAAATACAACAGGTGGCATAGTTTCATTCACTGGCATGTATGGCGTTACAGATAAAAG
TCTTGTTACACTTTCAATCAATGGAAGTAGCTGTTCAGTAAATTCAGTTTCTTTAAATTT
AATTACATTTAGATATCCATCATTAAGTGGATCACCAGGCCAATATCCACTTTTAATTAA
TGTTGGTGGTTTTGAAAATACTACTACCGGTTCAATATGTCGXXXXXXXXXXTCAAGAAA
CATTAATTAATATTGGAGGTTTATATTATTTCACAATGTTAAATGTCGTTGCGCCACCTT
CTCCAACACTTTTAAATAGTTATTATTGGTCATCATCTGATATAATTGTATTCAAAGGAT
CTTGGTTTGATTATTTTACACCAAATAGAGTTTATATTAATGGTGAAGGATTTGAATCAA
GTGTTGCAAGCTTAAATAATGGTAATGATGAAATCACCTTTAACGATAATTCACCTACTT
CTGATTTGTTAATTGGTGATGAATTTACTGTAATAGTTGAATCAGGAGGTCAAACTTCAA
ATAGTGTGACCTTTATTTATTTAAAATCAATTTTAATTACAACAAGTGAATTAAATTCAA
CAGGTGGGGATGTTAAGTTCAATGGTGAATATCATGTTTCAGATAAATCATTAGCAGTAT
TAACAATTGATGGTTATAATTGTGATATTATTGAGTTAACTACCAATTCAATTACATTCA
GTTATCCTGCCAAACCAGGTGGTAACTTTAATTTGCTATTAAAAATAGGTGGATTTGAAG
TTTCAACAACAGTTACCTATAAATCACAATCTACAACAGGTGGTCAATCTACAACAGGTG
GTCAATCTACAACAGGTGGTCAATCAACAACTAGTAATCCAACAAACCAACCATCCACAA
CAGACGATGATGAACTATCGATTTCATCAAAACTATTGGCTCCATTTATGTTATTAAAAA
T

AISPTTIQFQYPVNGAGTYQLIYFVGGFEYKTNVTYITSPPPQVIYKYEWTTDDRLIING
KWFGYYDSNVIVLNDDVYQVNSAVASSTNPGYDSISLSSFSPTSSLSIGQAFTIKVMVQG
QSSNVITFNYIDSIKVDVKDLNTTGGIVSFTGMYGVTDKSLVTLSINGSSCSVNSVSLNL
ITFRYPSLSGSPGQYPLLINVGGFENTTTGSIC---

---QETLINIGGLYYFTMLNVVAPPSPTLLNSYYWSSSDIIVFKGSWFDYFTPNRVYING
EGFESSVASLNNGNDEITFNDNSPTSDLLIGDEFTVIVESGGQTSNSVTFIYLKSILITT
SELNSTGGDVKFNGEYHVSDKSLAVLTIDGYNCDIIELTTNSITFSYPAKPGGNFNLLLK
IGGFEVSTTVTYKSQSTTGGQSTTGGQSTTGGQSTTSNPTNQPSTTDDDELSISSKLLAP
FMLLK

Frame A:
rnfsnyhpipips*wsrylsinlfcwwiri*nkcylynftsttsyl*i*mdnr**innkw
*mvwil*fkryssq**ciss**cscifnksrl**ykfikfftnkftfnwssiyhqsngsr
siikcnyi*ly*fn*s*ckrskynrwhsfihwhvwryr*kscytfnqwk*lfskfsffkf
nyi*isiikwitrpistfn*cwwf*kyyyrfnms---

---srnin*ywrfilfhnvkcrcatfsntfk*lllvii*ynciqrilv*lfytk*sly*w
*ri*ikccklk*w***nhl*r*ftyf*fvnw**iycns*irrsnfk*cdlylfkinfnyn
k*ikfnrwgc*vqw*iscfr*iissinn*wl*l*yy*vnyqfnyiqlscqtrw*l*faik
nrwi*sfnnsyl*itiynrwsiynrwsiynrwsinn**snkptihnrr**tidfiktigs
iyvikn

Frame B:
AISPTTIQFQYPVNGAGTYQLIYFVGGFEYKTNVTYITSPPPQVIYKYEWTTDDRLIING
KWFGYYDSNVIVLNDDVYQVNSAVASSTNPGYDSISLSSFSPTSSLSIGQAFTIKVMVQG
QSSNVITFNYIDSIKVDVKDLNTTGGIVSFTGMYGVTDKSLVTLSINGSSCSVNSVSLNL
ITFRYPSLSGSPGQYPLLINVGGFENTTTGSIC---

---QETLINIGGLYYFTMLNVVAPPSPTLLNSYYWSSSDIIVFKGSWFDYFTPNRVYING
EGFESSVASLNNGNDEITFNDNSPTSDLLIGDEFTVIVESGGQTSNSVTFIYLKSILITT
SELNSTGGDVKFNGEYHVSDKSLAVLTIDGYNCDIIELTTNSITFSYPAKPGGNFNLLLK
IGGFEVSTTVTYKSQSTTGGQSTTGGQSTTGGQSTTSNPTNQPSTTDDDELSISSKLLAP
FMLLK

Frame C:
qflqlpsnsntqlmeqvpin*fillvdsnikqmlpi*lhlhhklfinmngqpmid***mv
ngldimiqtl*fsmmmyiklivqlhlqqiqvmiv*vyqvfhqqvhfqlvkhlpsk*wfkv
nhqm*lhliiliqlklm*ki*iqqva*fhslacmalqikvllhfqsmevavq*iqfl*i*
lhldihh*vdhqanihf*lmlvvlkillpvqyv---

---kkh*lilevyiisqc*mslrhllqhf*iviighhli*lyskdlgliilhqiefilmv
kdlnqvlqa*imvmmkspltiihlllic*lvmnll**lnqevklqiv*plfi*nqf*lqq
vn*iqqvgmlssmvnimfqinh*qy*qlmviivills*lpiqlhsvilpnqvvtlicy*k
*vdlkfqqqlpinhnlqqvvnlqqvvnlqqvvnqqlviqqtnhpqqtmmnyrfhqnywlh
lcy*k

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AFO319 (AFO319Q) /CSM/AF/AFO3-A/AFO319Q.Seq.d/                       2678   0.0
VSJ569 (VSJ569Q) /CSM/VS/VSJ5-C/VSJ569Q.Seq.d/                         44   0.006
VSI892 (VSI892Q) /CSM/VS/VSI8-D/VSI892Q.Seq.d/                         44   0.006
VSI678 (VSI678Q) /CSM/VS/VSI6-D/VSI678Q.Seq.d/                         44   0.006
VSF434 (VSF434Q) /CSM/VS/VSF4-B/VSF434Q.Seq.d/                         44   0.006
VSF278 (VSF278Q) /CSM/VS/VSF2-D/VSF278Q.Seq.d/                         44   0.006
VHL736 (VHL736Q) /CSM/VH/VHL7-B/VHL736Q.Seq.d/                         44   0.006
VHK568 (VHK568Q) /CSM/VH/VHK5-C/VHK568Q.Seq.d/                         44   0.006
VHH808 (VHH808Q) /CSM/VH/VHH8-A/VHH808Q.Seq.d/                         44   0.006
VHH192 (VHH192Q) /CSM/VH/VHH1-D/VHH192Q.Seq.d/                         44   0.006

                                                               Score     E
Sequences producing significant alignments:                    (bits)  Value  N

AC116988|AC116988.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 6445720-6776760 strain AX4, complete sequence.    64  2e-06  12
AC123513|AC123513.1 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2779865-2840915 strain AX4, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***, in ordered pieces.    36  0.012  7
L06178|L06178.1 Apis mellifera ligustica complete mitochondrial genome.    42  0.038  5
AC024388|AC024388.3 Homo sapiens chromosome 6 clone RP11-115L8 map 6, WORKING DRAFT SEQUENCE, 28 unordered pieces.    50  0.075  1
BX465206|BX465206.5 Zebrafish DNA sequence *** SEQUENCING IN PROGRESS *** from clone.    46  0.20  4
L36890|L36890.1 Saccharomyces cerevisiae mitochondrion transfer RNA-Thr1 (tRNA-Thr) gene; transfer RNA-Val (tRNA-Val) gene; oxi2 gene, complete cds; ORF2 and origin of replication (ori5).    34  0.21  5
AC117075|AC117075.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 5201047-5455781 strain AX4, complete sequence.    36  0.27  11
AC115577|AC115577.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 4657875-4914984 strain AX4, complete sequence.    34  0.31  12
AP004171|AP004171.1 Mycoplasma penetrans genomic DNA, complete sequence, section 2/5.    34  0.32  11
AF447062|AF447062.1 Apis cerana NADH dehydrogenase subunit 4 (ND4) gene, partial cds; mitochondrial gene for mitochondrial product.    42  0.44  2

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AB016609_1(AB016609|pid:none) Dictyostelium discoideum gene for ...    89   4e-16
AC115599_1(AC115599|pid:none) Dictyostelium discoideum chromosom...    79   3e-13
FJ374903_1(FJ374903|pid:none) Dictyostelium discoideum strain QS...    41   0.084
FJ374912_1(FJ374912|pid:none) Dictyostelium discoideum strain QS...    41   0.084
AC117176_59(AC117176|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso...    41   0.084
AC116957_137(AC116957|pid:none) Dictyostelium discoideum chromos...    39   0.54
FJ374895_1(FJ374895|pid:none) Dictyostelium discoideum strain QS...    39   0.54
FJ374893_1(FJ374893|pid:none) Dictyostelium discoideum strain QS...    39   0.54
FJ374901_1(FJ374901|pid:none) Dictyostelium discoideum strain QS...    37   1.6
FJ374891_1(FJ374891|pid:none) Dictyostelium discoideum strain QS...    37   1.6

 psg: 0.93  gvh: 0.34  alm: 0.38  top: 0.47  tms: 0.00  mit: 0.23  mip: 0.00
 nuc: 0.00  erl: 0.00  erm: 0.00  pox: 0.00  px2: 0.00  vac: 0.00  rnp: 0.00
 act: 0.00  caa: 0.00  yqr: 0.00  tyr: 0.00  leu: 0.00  gpi: 0.00  myr: 0.00
 dna: 0.00  rib: 0.00  bac: 0.00  m1a: 0.00  m1b: 0.00  m2 : 0.00  mNt: 0.00
 m3a: 0.00  m3b: 0.00  m_ : 1.00 

	 60.0 %: cytoplasmic
	 28.0 %: nuclear
	  4.0 %: cytoskeletal
	  4.0 %: plasma membrane
	  4.0 %: vesicles of secretory system

>> prediction for AFO319 is cyt

>AFO319F.Seq
CGCAATTTCTCCAACTACCATCCAATTCCAATACCCAGTTAATGGAGCAGGTACCTATCA
ATTAATTTATTTTGTTGGTGGATTCGAATATAAAACAAATGTTACCTATATAACTTCACC
TCCACCACAAGTTATTTATAAATATGAATGGACAACCGATGATAGATTAATAATAAATGG
TAAATGGTTTGGATATTATGATTCAAACGTTATAGTTCTCAATGATGATGTATATCAAGT
TAATAGTGCAGTTGCATCTTCAACAAATCCAGGTTATGATAGTATAAGTTTATCAAGTTT
TTCACCAACAAGTTCACTTTCAATTGGTCAAGCATTTACCATCAAAGTAATGGTTCAAGG
TCAATCATCAAATGTAATTACATTTAATTATATTGATTCAATTAAAGTTGATGTAAAAGA
TCTAAATACAACAGGTGGCATAGTTTCATTCACTGGCATGTATGGCGTTACAGATAAAAG
TCTTGTTACACTTTCAATCAATGGAAGTAGCTGTTCAGTAAATTCAGTTTCTTTAAATTT
AATTACATTTAGATATCCATCATTAAGTGGATCACCAGGCCAATATCCACTTTTAATTAA
TGTTGGTGGTTTTGAAAATACTACTACCGGTTCAATATGTCG----------

>AFO319Z.Seq
----------TCAAGAAACATTAATTAATATTGGAGGTTTATATTATTTCACAATGTTAA
ATGTCGTTGCGCCACCTTCTCCAACACTTTTAAATAGTTATTATTGGTCATCATCTGATA
TAATTGTATTCAAAGGATCTTGGTTTGATTATTTTACACCAAATAGAGTTTATATTAATG
GTGAAGGATTTGAATCAAGTGTTGCAAGCTTAAATAATGGTAATGATGAAATCACCTTTA
ACGATAATTCACCTACTTCTGATTTGTTAATTGGTGATGAATTTACTGTAATAGTTGAAT
CAGGAGGTCAAACTTCAAATAGTGTGACCTTTATTTATTTAAAATCAATTTTAATTACAA
CAAGTGAATTAAATTCAACAGGTGGGGATGTTAAGTTCAATGGTGAATATCATGTTTCAG
ATAAATCATTAGCAGTATTAACAATTGATGGTTATAATTGTGATATTATTGAGTTAACTA
CCAATTCAATTACATTCAGTTATCCTGCCAAACCAGGTGGTAACTTTAATTTGCTATTAA
AAATAGGTGGATTTGAAGTTTCAACAACAGTTACCTATAAATCACAATCTACAACAGGTG
GTCAATCTACAACAGGTGGTCAATCTACAACAGGTGGTCAATCAACAACTAGTAATCCAA
CAAACCAACCATCCACAACAGACGATGATGAACTATCGATTTCATCAAAACTATTGGCTC
CATTTATGTTATTAAAAAT

>AFO319P.Seq
CGCAATTTCTCCAACTACCATCCAATTCCAATACCCAGTTAATGGAGCAGGTACCTATCA
ATTAATTTATTTTGTTGGTGGATTCGAATATAAAACAAATGTTACCTATATAACTTCACC
TCCACCACAAGTTATTTATAAATATGAATGGACAACCGATGATAGATTAATAATAAATGG
TAAATGGTTTGGATATTATGATTCAAACGTTATAGTTCTCAATGATGATGTATATCAAGT
TAATAGTGCAGTTGCATCTTCAACAAATCCAGGTTATGATAGTATAAGTTTATCAAGTTT
TTCACCAACAAGTTCACTTTCAATTGGTCAAGCATTTACCATCAAAGTAATGGTTCAAGG
TCAATCATCAAATGTAATTACATTTAATTATATTGATTCAATTAAAGTTGATGTAAAAGA
TCTAAATACAACAGGTGGCATAGTTTCATTCACTGGCATGTATGGCGTTACAGATAAAAG
TCTTGTTACACTTTCAATCAATGGAAGTAGCTGTTCAGTAAATTCAGTTTCTTTAAATTT
AATTACATTTAGATATCCATCATTAAGTGGATCACCAGGCCAATATCCACTTTTAATTAA
TGTTGGTGGTTTTGAAAATACTACTACCGGTTCAATATGTCG----------TCAAGAAA
CATTAATTAATATTGGAGGTTTATATTATTTCACAATGTTAAATGTCGTTGCGCCACCTT
CTCCAACACTTTTAAATAGTTATTATTGGTCATCATCTGATATAATTGTATTCAAAGGAT
CTTGGTTTGATTATTTTACACCAAATAGAGTTTATATTAATGGTGAAGGATTTGAATCAA
GTGTTGCAAGCTTAAATAATGGTAATGATGAAATCACCTTTAACGATAATTCACCTACTT
CTGATTTGTTAATTGGTGATGAATTTACTGTAATAGTTGAATCAGGAGGTCAAACTTCAA
ATAGTGTGACCTTTATTTATTTAAAATCAATTTTAATTACAACAAGTGAATTAAATTCAA
CAGGTGGGGATGTTAAGTTCAATGGTGAATATCATGTTTCAGATAAATCATTAGCAGTAT
TAACAATTGATGGTTATAATTGTGATATTATTGAGTTAACTACCAATTCAATTACATTCA
GTTATCCTGCCAAACCAGGTGGTAACTTTAATTTGCTATTAAAAATAGGTGGATTTGAAG
TTTCAACAACAGTTACCTATAAATCACAATCTACAACAGGTGGTCAATCTACAACAGGTG
GTCAATCTACAACAGGTGGTCAATCAACAACTAGTAATCCAACAAACCAACCATCCACAA
CAGACGATGATGAACTATCGATTTCATCAAAACTATTGGCTCCATTTATGTTATTAAAAA
T