| Vienna RNA Package | |
| Categories | 核酸配列解析 | 核酸高次構造推定 |
| Name | Vienna RNA Package |
| Availability | www |
| Provider | ITC |
| Keywords | - |
| Feature | DNAもしくはRNAの2次構造予測・2次構造からの配列設計アルゴリズムを提供するサーバー。予測に関しては、自由エネルギーが最小となる構造の探索、形成される塩基対の確率が最小となる構造の探索が行われる。1本の配列を入力とするアルゴリズム、複数配列のマルチプルアライメントを入力とするアルゴリズムが実装されている。どちらも動的計画法をベースとするアルゴリズムである。前者の入力データの上限は4K塩基長、後者は2K塩基長である。配列設計に関してはヒューリスティックな手法が実装さている。入力データの上限は100塩基長である。 |
| Reference | Vienna RNA secondary structure server. Hofacker IL. Nucleic Acids Res. 2003 Jul 1;31(13):3429-31. PubMed ID: 12824340 Link to Google Scholar |
| Last Updated | 2009-05-01 |