| PLINK | |
| Categories | 遺伝統計解析 | データの品質管理 | 集団の構造化 遺伝統計解析 | データの品質管理 | Hardy-Weinberg平衡検定など 遺伝統計解析 | 関連解析 遺伝統計解析 | TDT |
| Name | PLINK |
| Availability | download |
| Provider | plink...Whole genome association analysis toolset |
| Keywords | 関連解析 TDT 量的形質 集団の階層化 ハプロタイプ |
| Feature | PLINKは、SNPを対象とした全ゲノム関連解析で必要となる集団遺伝学的な分析手法及び関連性検定手法を提供する総合的ソフトウェアである。PLINKは豊富な機能を有しており、遺伝子型データの統計量算出やハーディ・ワインバーグ平衡検定によるデータの品質管理、クラスタリングによる人種の階層化の検出、様々な検定手法を提供する。検定手法としては、ケース・コントロール研究で一般的に用いられる検定手法、階層化を考慮した検定、多数の小家系情報に基づくTDT、s-TDT、量的形質の関連性検定、ハプロタイプによる検定などが用意されている。入力データは個体ごとの遺伝子型データとSNP情報が基本となる。 |
| Reference | - |
| Last Updated | 2009-10-10 |