| MatInspector | |
| Categories | 配列モチーフ解析 | モチーフ検索 核酸配列解析 | 転写因子結合サイトの抽出・検索 ホモロジー検索 |
| Name | MatInspector |
| Availability | WWW Download |
| Provider | Genomatix |
| Keywords | 重み行列 |
| Feature | DNA配列において、位置特異的な重み行列で表現された転写因子結合モチーフを検索することにより、DNA配列中の転写因子結合部位を予測するプログラムである。モチーフ検索の精度を向上させるために、二つの工夫が施されている。一つは、似通ったモチーフをまとめて扱うことにより、モチーフの重複を避けることである。もう一つは、モチーフの長さや保存度を指標として、モチーフごとに閾値を設定することにより、擬陽性を減らすことである。有償。 |
| Reference | MatInspector and beyond: promoter analysis based on transcription factor binding sites. Cartharius K, Frech K, Grote K, Klocke B, Haltmeier M, Klingenhoff A, Frisch M, Bayerlein M, Werner T. Bioinformatics. 2005 Jul 1;21(13):2933-42. Epub 2005 Apr 28. PubMed ID: 15860560 Link to Google Scholar |
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