| Exonerate | |
| Categories | 核酸配列解析 | エクソン・イントロン構造予測 | 転写産物からの推定 核酸配列解析 | ホモロジー検索 タンパク質配列解析・プロテオミクス | ホモロジー検索 配列決定・PCR等実験の支援 | プライマー設計 ホモロジー検索 |
| Name | Exonerate |
| Availability | Download |
| Provider | EBI |
| Keywords | Needleman-Wunsch Smith-Waterman 動的計画法 |
| Feature | Needleman-Wunsch、Smith-Watermanやイントロンを考慮したアライメントモデル等が実装されたツール。まず、アライメントのシードを探索し、シード間の領域を動的計画法でアライメントする。ただし、全てのシード間についてアライメントを行うのではなく、閾値以上のスコアが得られることが期待される場合にのみ計算を行う。この枝刈りにより計算時間を削減している。上述したように様々なアライメントを行うことができるが、それらの具体的なアルゴリズムは有限オートマトンで表現されており、動的計画法に変換された後、シード対の選択やアライメントの生成に使用される。 |
| Reference | Automated generation of heuristics for biological sequence comparison. Slater GS, Birney E. BMC Bioinformatics. 2005 Feb 15;6:31. PubMed ID: 15713233 Link to Google Scholar |
| Last Updated | 2008-10-17 |