Category  ||   Tool  |   Workflow
Initial sequencing and analysis of the human genome.
Reference Initial sequencing and analysis of the human genome.
Lander ES et.al
Nature. 2001 Feb 15;409(6822):860-921
PubMed ID: 11237011
Workflow
解析目的ゲノム解析
HumanNature2001_Workflow_1
解析目的配列アセンブリング
HumanNature2001_Workflow_1_1
解析目的配列精度評価
入力データゲノム配列断片
処理内容/ 解析ツールPhred
出力データ配列精度評価
HumanNature2001_Workflow_1_2
解析目的配列アセンブリング
入力データゲノム配列断片
入力データ配列精度評価
処理内容/ 解析ツールPhrap
出力データアセンブリングされたゲノム配列
HumanNature2001_Workflow_2
解析目的アノテーション
HumanNature2001_Workflow_2_1
解析目的GCアイランド同定
HumanNature2001_Workflow_2_1_1
解析目的GC含量計算
入力データゲノム配列
処理内容/ 解析ツールGC含量計算
出力データGC含量
HumanNature2001_Workflow_2_1_2
解析目的GCアイランド同定
入力データゲノム配列
入力データGC含量
処理内容/ 解析ツールGardiner-Garden & Frommerの定義
出力データ配列アノテーション:GCアイランド候補
HumanNature2001_Workflow_2_2
解析目的リピート領域同定
入力データゲノム配列
データベースRepBase (version 5.08)
処理内容/ 解析ツールRepeatMasker (version 09092000)
出力データ配列アノテーション:リピート領域候補
HumanNature2001_Workflow_2_3
解析目的ゲノム断片配列重複の同定
入力データリピート領域がマスクされたゲノム配列
入力データリピート領域がマスクされたゲノム配列
処理内容/ 解析ツールblastn
処理条件99.5%未満(for finished) or 98%未満(for unfinished)
出力データ配列アノテーション:ゲノム断片重複候補
HumanNature2001_Workflow_2_4
解析目的非コードRNA領域の同定
入力データゲノム配列
データベース既知の非コードRNA配列
処理内容/ 解析ツールblastn
出力データ配列アノテーション:非コードRNA領域候補
HumanNature2001_Workflow_2_5
解析目的遺伝子コード領域を同定/予測する(その1)
HumanNature2001_Workflow_2_5_1
解析目的ゲノム配列上への既知遺伝子のマッピング
入力データゲノム配列
データベースRefseq
処理内容/ 解析ツールSpidey
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
HumanNature2001_Workflow_2_5_2
解析目的ゲノム配列上への既知遺伝子のマッピング
入力データゲノム配列
データベースRefseq
処理内容/ 解析ツールAcembly
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
HumanNature2001_Workflow_2_5_3
解析目的ゲノム配列上への既知遺伝子のマッピング結果の統合
入力データ遺伝子コード領域候補
入力データ遺伝子コード領域候補
処理内容/ 解析ツールアノテーション結合
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
HumanNature2001_Workflow_2_6
解析目的遺伝子コード領域を同定/予測する(その2)
HumanNature2001_Workflow_2_6_1
解析目的Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する
入力データゲノム配列
処理内容/ 解析ツールGenscan
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
HumanNature2001_Workflow_2_6_2
解析目的転写産物構造比較により遺伝子構造を同定/予測する
入力データ遺伝子コード領域配列
データベースmRNA配列データベース
データベースEST配列データベース
データベースPfam
処理内容/ 解析ツール配列比較
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
HumanNature2001_Workflow_2_6_3
解析目的オルタネイティブスプライシング遺伝子候補を同定/予測する
入力データ遺伝子コード領域配列
処理内容/ 解析ツールGeneWise
出力データ配列アノテーション:オルタネイティブスプライシング遺伝子候補
HumanNature2001_Workflow_2_6_4
解析目的転写産物構造比較とAb initio法を組合せた手法により遺伝子コード領域を同定/予測する
入力データゲノム配列
処理内容/ 解析ツールGenie
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
HumanNature2001_Workflow_2_6_5
解析目的転写産物構造比較により遺伝子構造を同定/予測する
入力データゲノム配列
データベースRefseq (version 29 Sep. 2000)
データベースSwissProt (release 39.6 30 Aug. 2000)
データベースTrEMBL (release 14.17 1 Oct 2000)
データベースTrEMBL_new (1 Oct 2000)
処理内容/ 解析ツールホモロジー検索
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
HumanNature2001_Workflow_2_6_6
解析目的アノテーション結果の統合
入力データ遺伝子コード領域候補
入力データ遺伝子コード領域候補
処理内容/ 解析ツールアノテーション結合
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
HumanNature2001_Workflow_2_6_7
解析目的アノテーション結果の統合
入力データ遺伝子コード領域候補
入力データ遺伝子コード領域候補
処理内容/ 解析ツールアノテーション結合
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
HumanNature2001_Workflow_3
解析目的プロテオーム解析
HumanNature2001_Workflow_3_1
解析目的遺伝子配列を翻訳する
入力データ遺伝子コード領域配列
処理内容/ 解析ツール遺伝子配列の翻訳
出力データタンパク質配列
HumanNature2001_Workflow_3_2
解析目的機能予測
入力データタンパク質配列
データベースInterPro
処理内容/ 解析ツールInterProScan
出力データ機能予測結果
HumanNature2001_Workflow_3_3
解析目的他の生物種のタンパク質構成と比較する
HumanNature2001_Workflow_3_3_1
解析目的他の生物種のタンパク質構成と比較する(1)
入力データタンパク質配列
データベース非冗長性タンパク質配列データベース
処理内容/ 解析ツールblastp
処理条件E-value < 0.001
出力データホモログ候補
HumanNature2001_Workflow_3_3_2
解析目的他の生物種のタンパク質構成と比較する(2)
入力データホモログ候補
データベース非冗長性タンパク質配列データベース
処理内容/ 解析ツールPSI-BLAST
処理条件3反復, E-value < 0.001
出力データホモログ配列
Workflow Image