Pyropia yezoensis
Scientific name Pyropia yezoensis
Scientific name authority Pyropia yezoensis (Ueda) M.S.Hwang & H.G.Choi
Japanese name スサビノリ
Taxonomy ID 2788
Phylum division -
Family Bangiaceae
Family(Japanese) ウシケノリ科
Genus Pyropia
Genus(Japanese) アマノリ属
Species yezoensis
Variety -
Common name Susabi-nori
Common name(Japanese) スサビノリ
Synonym Porphyra yezoensis
Resource info -
Reference handle: 2115/23458
Sequencing method Roche GS-FLX/FLX+, Illumina GA IIx
Reads count 9.7 Gb
Assembly method CLC Assembly Cell version 4.06 beta
Sequencing depth 166x
Gene annotation method AUGUSTUS
Contig count 46634
Scaffold count -
Gene count 10327
Chromosome count 2n=6
Covered region 43 Mb
Genome size 260
ORF count -
GC content -
Contact -
Country -
Description

Seaweeds belonging to the Bangiaceae family are distributed along the coastline worldwide, except for tropical regions. There are as many as 29 species along the Japanese coastline. Major species are asakusa-nori and susabi-nori. The life cycle of P. yezoensis consists of leafy gametophytes and filamentous sporophytes. The lifecycle can be completed in a laboratory culture system. In 2013, a Japanese group published a draft genome sequence, which indicated that the genome size of P. yezoensis is 65 Mb; approximately 25% of previous predictions.

References
(1) Nakamura Y et al. (2013) The First Symbiont-Free Genome Sequence of Marine Red Alga, Susabi-nori (Pyropia yezoensis). PLOS ONE 8(3):e57122.

Description(Japanese)

ウシケノリ科アマノリ属。ウシケノリ科の海藻は熱帯域を除く世界の沿岸に分布し、日本沿岸に29種類が生息するなど、種類数が多い。主なものにアサクサノリやスサビノリがある。スサビノリの生活環は、葉状の配偶体世代と糸状の胞子体世代があり、培養条件によって2?3ヶ月で完結させることができる。北海道大学において、純系株(TU-1株)および変異株の作出、カルチャーコレクション、cDNAライブラリー、形質転換、ESTなどの基盤整備が進められた。2013年に水産総合研究センターを中心とした研究グループにより、ゲノムのドラフト配列が公表された。その結果、ゲノムサイズが当初予測の1/4程度 (65 Mb) であることが明らかとなった。
かずさDNA研究所では、スサビノリのEST配列情報データベース(スサビノリ EST Index)を公開している。

参考文献
(1) 世界有用植物事典(平凡社 2002年 堀田満 編集代表)
(2) 嵯峨直恆 「水産科学のためのモデル植物としてのスサビノリ」日本水産学会誌 Vol. 74, No. 3 (2008) p363-6.
(3) Nakamura Y et al. (2013) The First Symbiont-Free Genome Sequence of Marine Red Alga, Susabi-nori (Pyropia yezoensis). PLOS ONE 8(3):e57122