Pyropia yezoensis | |
Scientific name | Pyropia yezoensis |
Scientific name authority | Pyropia yezoensis (Ueda) M.S.Hwang & H.G.Choi |
Japanese name | スサビノリ![]() |
Taxonomy ID | 2788 |
Phylum division | - |
Family | Bangiaceae |
Family(Japanese) | ウシケノリ科 |
Genus | Pyropia |
Genus(Japanese) | アマノリ属 |
Species | yezoensis |
Variety | - |
Common name | Susabi-nori |
Common name(Japanese) | スサビノリ |
Synonym | Porphyra yezoensis |
Links (DFCI) | - |
Resource info | - |
Reference | handle: 2115/23458 |
Sequencing method | Roche GS-FLX/FLX+, Illumina GA IIx |
Reads count | 9.7 Gb |
Assembly method | CLC Assembly Cell version 4.06 beta |
Sequencing depth | 166x |
Gene annotation method | AUGUSTUS |
Contig count | 46634 |
Scaffold count | - |
Gene count | 10327 |
Chromosome count | 2n=6 |
Covered region | 43 Mb |
Genome size | 260 |
ORF count | - |
GC content | - |
Contact | - |
Country | - |
Links (GOLD) | - |
Links (NCBI Genome) | - |
Description | Seaweeds belonging to the Bangiaceae family are distributed along the coastline worldwide, except for tropical regions. There are as many as 29 species along the Japanese coastline. Major species are asakusa-nori and susabi-nori. The life cycle of P. yezoensis consists of leafy gametophytes and filamentous sporophytes. The lifecycle can be completed in a laboratory culture system. In 2013, a Japanese group published a draft genome sequence, which indicated that the genome size of P. yezoensis is 65 Mb; approximately 25% of previous predictions. References |
Description(Japanese) | ウシケノリ科アマノリ属。ウシケノリ科の海藻は熱帯域を除く世界の沿岸に分布し、日本沿岸に29種類が生息するなど、種類数が多い。主なものにアサクサノリやスサビノリがある。スサビノリの生活環は、葉状の配偶体世代と糸状の胞子体世代があり、培養条件によって2?3ヶ月で完結させることができる。北海道大学において、純系株(TU-1株)および変異株の作出、カルチャーコレクション、cDNAライブラリー、形質転換、ESTなどの基盤整備が進められた。2013年に水産総合研究センターを中心とした研究グループにより、ゲノムのドラフト配列が公表された。その結果、ゲノムサイズが当初予測の1/4程度 (65 Mb) であることが明らかとなった。 参考文献 |
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