| 解析目的 | | |
| ChimpChr22_Workflow_1 |
| 解析目的 | base substitutions analysis in region between chimpanzee chr22 and human chr21 |
| ChimpChr22_Workflow_1_1 |
| | 解析目的 | | |
| | 入力データ | DNA sequences derived from the clones on the chimp chr22 |
| | 入力データ | DNA sequences derived from the human chr21 |
| | 処理内容/ 解析ツール | NCBI-BLAST |
| | 出力データ | aligned sequences between chimp chr22 and human chr21 |
| ChimpChr22_Workflow_1_2 |
| | 解析目的 | | |
| | 入力データ | aligned sequences between chimp chr22 and human chr21 |
| | データベース | human chr21q SNP in dbSNP |
| | 処理内容/ 解析ツール | modified version of H test |
| | 出力データ | species-specific substitution pattern |
| ChimpChr22_Workflow_2 |
| 解析目的 | making human chr21q gene catalog |
| ChimpChr22_Workflow_2_1 |
| | 解析目的 | | |
| | 入力データ | DNA sequences derived from the human chr21 |
| | 処理内容/ 解析ツール | cut into overlapping fragments |
| | 処理条件 | fragment length=10kb, overlap=1kb |
| | 出力データ | DNA fragment sequences derived from the human chr21 |
| ChimpChr22_Workflow_2_2 |
| | 解析目的 | | |
| | 入力データ | DNA fragment sequences derived from the human chr21 |
| | 処理内容/ 解析ツール | RepeatMasker |
| | 出力データ | masked DNA fragment sequences derived from the human chr21 |
| ChimpChr22_Workflow_2_3 |
| | 解析目的 | | |
| | 入力データ | masked DNA fragment sequences derived from the human chr21 |
| | データベース | dbEST |
| | データベース | nr-db |
| | 処理内容/ 解析ツール | blastn |
| | 出力データ | predicted gene regions in human chr21 |
| ChimpChr22_Workflow_2_4 |
| | 解析目的 | | |
| | 入力データ | predicted gene regions in human chr21 |
| | 入力データ | cDNAs aligned to human chr21 |
| | 処理内容/ 解析ツール | EST_GENOME |
| | 出力データ | predicted gene structures in human chr21 |
| ChimpChr22_Workflow_3 |
| 解析目的 | detecting orthologs of chimp and human |
| ChimpChr22_Workflow_3_1 |
| | 解析目的 | | |
| | 入力データ | DNA sequences derived from the clones on the chimp chr22 |
| | 入力データ | predicted gene structures in human chr21 |
| | 処理内容/ 解析ツール | NCBI-BLAST |
| | 処理内容/ 解析ツール | manual process |
| | 出力データ | chimp chr22 regions corresponding to human chr21 |
| | 出力データ | chimp chr22 regions not-corresponding to human chr21 |
| ChimpChr22_Workflow_3_2 |
| | 解析目的 | | |
| | 入力データ | chimp chr22 regions corresponding to human chr21 |
| | 入力データ | cDNAs aligned to human chr21 |
| | 処理内容/ 解析ツール | EST_GENOME |
| | 出力データ | detected orthologs in chimp chr21 |
| ChimpChr22_Workflow_3_3 |
| | 解析目的 | | |
| | 入力データ | chimp chr22 regions not-corresponding to human chr21 |
| | データベース | nr-db (all species) |
| | 処理内容/ 解析ツール | NCBI-BLAST |
| | 出力データ | potential chimp chr22 specific genes |
| ChimpChr22_Workflow_4 |
| 解析目的 | multiple alignment of chimp chr22 genes with orthologs in other species |
| ChimpChr22_Workflow_4_1 |
| | 解析目的 | | |
| | 入力データ | predicted gene structures in human chr21 |
| | 処理内容/ 解析ツール | convert nucleotide to amino acid sequences |
| | 出力データ | predicted polypeptides in human chr21 |
| ChimpChr22_Workflow_4_2 |
| | 解析目的 | | |
| | 入力データ | predicted polypeptides in human chr21 |
| | データベース | rat, zebrafish, pufferfish(Ensembl) and ciona(JGI) polypeptides |
| | 処理内容/ 解析ツール | blastp |
| | 出力データ | orthologs between human-rat, zebrafish, pufferfish and ciona |
| ChimpChr22_Workflow_4_3 |
| | 解析目的 | | |
| | 入力データ | orthologs between human-rat, zebrafish, pufferfish and ciona |
| | 入力データ | detected orthologs in chimp chr21 |
| | 入力データ | human-mouse orthologs(Gitton et al. Nature 2002) |
| | 処理内容/ 解析ツール | ClustalW |
| | 出力データ | multiple alignments of chimp chr22 genes with orthologs in human, mouse, rat, zebrafish, pufferfish and ciona |
