| 解析目的 | ゲノム解析 |
| ArabidopsisChr1_Workflow_1 |
| 解析目的 | 配列アセンブリング |
| ArabidopsisChr1_Workflow_1_1 |
| | 解析目的 | 配列精度評価 |
| | 入力データ | BAC DNA配列断片 |
| | 処理内容/ 解析ツール | Phred |
| | 出力データ | 配列精度評価 |
| ArabidopsisChr1_Workflow_1_2 |
| | 解析目的 | 配列アセンブリング |
| | 入力データ | BAC DNA配列断片 |
| | 入力データ | 配列精度評価 |
| | 処理内容/ 解析ツール | Phrap |
| | 出力データ | アセンブリングされたBAC配列 |
| ArabidopsisChr1_Workflow_1_3 |
| | 解析目的 | 配列アセンブリング |
| | 入力データ | アセンブリングされたBAC配列 |
| | 処理内容/ 解析ツール | Consed |
| | 出力データ | 修正されたBAC配列 |
| ArabidopsisChr1_Workflow_2 |
| 解析目的 | アノテーション |
| ArabidopsisChr1_Workflow_2_1 |
| | 解析目的 | 遺伝子領域予測 |
| | ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1 |
| | | 解析目的 | Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する |
| | | ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_1 |
| | | | 解析目的 | Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する |
| | | | 入力データ | BAC配列 |
| | | | 処理内容/ 解析ツール | GRAIL |
| | | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | | ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_2 |
| | | | 解析目的 | Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する |
| | | | 入力データ | BAC配列 |
| | | | 処理内容/ 解析ツール | Genscan |
| | | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | | ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_3 |
| | | | 解析目的 | Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する |
| | | | 入力データ | BAC配列 |
| | | | 処理内容/ 解析ツール | fexa |
| | | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | | ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_4 |
| | | | 解析目的 | Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する |
| | | | 入力データ | BAC配列 |
| | | | 処理内容/ 解析ツール | GlimmerA |
| | | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | | ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_5 |
| | | | 解析目的 | Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する |
| | | | 入力データ | BAC配列 |
| | | | 処理内容/ 解析ツール | GeneMark.hmm |
| | | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | | ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_6 |
| | | | 解析目的 | Ab initio法によりスプライス部位を同定/予測する |
| | | | 入力データ | BAC配列 |
| | | | 処理内容/ 解析ツール | GeneSplicer |
| | | | 出力データ | 配列アノテーション:スプライス部位候補 |
| | | ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_7 |
| | | | 解析目的 | Ab initio法によりスプライス部位を同定/予測する |
| | | | 入力データ | BAC配列 |
| | | | 処理内容/ 解析ツール | NetPlantGene |
| | | | 出力データ | 配列アノテーション:スプライス部位候補 |
| | ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_2 |
| | | 解析目的 | 転写産物構造比較により遺伝子コード領域を同定/予測する |
| | | ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_2_1 |
| | | | 解析目的 | 転写産物構造比較により遺伝子コード領域を同定/予測する |
| | | | 入力データ | BAC配列 |
| | | | データベース | ESTデータベース |
| | | | データベース | 非冗長性タンパク質データベース |
| | | | 処理内容/ 解析ツール | BLAST |
| | | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | | ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_2_2 |
| | | | 解析目的 | 転写産物構造比較により遺伝子コード領域を同定/予測する |
| | | | 入力データ | BAC配列 |
| | | | データベース | ESTデータベース |
| | | | データベース | 非冗長性タンパク質データベース |
| | | | 処理内容/ 解析ツール | AAT |
| | | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_3 |
| | | 解析目的 | 手作業により遺伝子コード領域を同定/予測する |
| | | 入力データ | BAC配列 |
| | | 入力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | | 入力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | | 入力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | | 入力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | | 入力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | | 入力データ | 配列アノテーション:スプライス部位候補 |
| | | 入力データ | 配列アノテーション:スプライス部位候補 |
| | | 入力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | | 入力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | | 処理内容/ 解析ツール | PEDANT |
| | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| ArabidopsisChr1_Workflow_2_2 |
| | 解析目的 | tRNA領域を同定/予測する |
| | 入力データ | BAC配列 |
| | 処理内容/ 解析ツール | tRNAscan-SE |
| | 出力データ | 配列アノテーション:tRNA領域候補 |
| ArabidopsisChr1_Workflow_2_3 |
| | 解析目的 | リピート領域を予測する |
| | 入力データ | BAC配列 |
| | 処理内容/ 解析ツール | RepeatMasker |
| | 出力データ | 配列アノテーション:リピート領域候補 |
| ArabidopsisChr1_Workflow_3 |
| 解析目的 | タンパク質の機能を予測する |
| ArabidopsisChr1_Workflow_3_1 |
| | 解析目的 | 翻訳 |
| | 入力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | 処理内容/ 解析ツール | 翻訳 |
| | 出力データ | タンパク質配列 |
| ArabidopsisChr1_Workflow_3_2 |
| | 解析目的 | タンパク質の細胞内局在を予測する |
| | 入力データ | タンパク質配列 |
| | 処理内容/ 解析ツール | TargetP |
| | 処理条件 | specificity > 0.95 |
| | 出力データ | 細胞内局在予測結果 |
