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Sequence and analysis of chromosome 1 of the plant Arabidopsis thaliana.
Reference Sequence and analysis of chromosome 1 of the plant Arabidopsis thaliana.
Theologis A et.al
Nature. 2000 Dec 14;408(6814):816-20
PubMed ID: 11130712
Workflow
解析目的ゲノム解析
ArabidopsisChr1_Workflow_1
解析目的配列アセンブリング
ArabidopsisChr1_Workflow_1_1
解析目的配列精度評価
入力データBAC DNA配列断片
処理内容/ 解析ツールPhred
出力データ配列精度評価
ArabidopsisChr1_Workflow_1_2
解析目的配列アセンブリング
入力データBAC DNA配列断片
入力データ配列精度評価
処理内容/ 解析ツールPhrap
出力データアセンブリングされたBAC配列
ArabidopsisChr1_Workflow_1_3
解析目的配列アセンブリング
入力データアセンブリングされたBAC配列
処理内容/ 解析ツールConsed
出力データ修正されたBAC配列
ArabidopsisChr1_Workflow_2
解析目的アノテーション
ArabidopsisChr1_Workflow_2_1
解析目的遺伝子領域予測
ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1
解析目的Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する
ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_1
解析目的Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する
入力データBAC配列
処理内容/ 解析ツールGRAIL
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_2
解析目的Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する
入力データBAC配列
処理内容/ 解析ツールGenscan
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_3
解析目的Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する
入力データBAC配列
処理内容/ 解析ツールfexa
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_4
解析目的Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する
入力データBAC配列
処理内容/ 解析ツールGlimmerA
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_5
解析目的Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する
入力データBAC配列
処理内容/ 解析ツールGeneMark.hmm
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_6
解析目的Ab initio法によりスプライス部位を同定/予測する
入力データBAC配列
処理内容/ 解析ツールGeneSplicer
出力データ配列アノテーション:スプライス部位候補
ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_1_7
解析目的Ab initio法によりスプライス部位を同定/予測する
入力データBAC配列
処理内容/ 解析ツールNetPlantGene
出力データ配列アノテーション:スプライス部位候補
ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_2
解析目的転写産物構造比較により遺伝子コード領域を同定/予測する
ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_2_1
解析目的転写産物構造比較により遺伝子コード領域を同定/予測する
入力データBAC配列
データベースESTデータベース
データベース非冗長性タンパク質データベース
処理内容/ 解析ツールBLAST
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_2_2
解析目的転写産物構造比較により遺伝子コード領域を同定/予測する
入力データBAC配列
データベースESTデータベース
データベース非冗長性タンパク質データベース
処理内容/ 解析ツールAAT
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
ArabidopsisChr1_Workflow_2_1_3
解析目的手作業により遺伝子コード領域を同定/予測する
入力データBAC配列
入力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
入力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
入力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
入力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
入力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
入力データ配列アノテーション:スプライス部位候補
入力データ配列アノテーション:スプライス部位候補
入力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
入力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
処理内容/ 解析ツールPEDANT
出力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
ArabidopsisChr1_Workflow_2_2
解析目的tRNA領域を同定/予測する
入力データBAC配列
処理内容/ 解析ツールtRNAscan-SE
出力データ配列アノテーション:tRNA領域候補
ArabidopsisChr1_Workflow_2_3
解析目的リピート領域を予測する
入力データBAC配列
処理内容/ 解析ツールRepeatMasker
出力データ配列アノテーション:リピート領域候補
ArabidopsisChr1_Workflow_3
解析目的タンパク質の機能を予測する
ArabidopsisChr1_Workflow_3_1
解析目的翻訳
入力データ配列アノテーション:遺伝子コード領域候補
処理内容/ 解析ツール翻訳
出力データタンパク質配列
ArabidopsisChr1_Workflow_3_2
解析目的タンパク質の細胞内局在を予測する
入力データタンパク質配列
処理内容/ 解析ツールTargetP
処理条件specificity > 0.95
出力データ細胞内局在予測結果
Workflow Image