| The map-based sequence of the rice genome. |
| Reference |
The map-based sequence of the rice genome.
International Rice Genome Sequencing Project
Nature. 2005 Aug 11;436(7052):793-800
PubMed ID: 16100779 |
| Workflow |
| 解析目的 | ゲノム解析 | | Rice_Workflow_1 | | 解析目的 | 配列アセンブリング | | Rice_Workflow_1_1 | | | 解析目的 | 配列精度評価 | | | 入力データ | ショットガンDNA配列断片 | | | 処理内容/ 解析ツール | Phred | | | 出力データ | 配列精度評価 | | Rice_Workflow_1_2 | | | 解析目的 | 配列アセンブリング | | | 入力データ | ショットガンDNA配列断片 | | | 入力データ | 配列精度評価 | | | 処理内容/ 解析ツール | Phrap | | | 出力データ | アセンブリングされたゲノム配列 | | Rice_Workflow_1_3 | | | 解析目的 | 配列アセンブリング | | | 入力データ | ショットガンDNA配列断片 | | | 処理内容/ 解析ツール | TIGR Assembler | | | 出力データ | アセンブリングされたゲノム配列 | | Rice_Workflow_1_4 | | | 解析目的 | 配列アセンブリング | | | 入力データ | アセンブリングされたゲノム配列 | | | 入力データ | アセンブリングされたゲノム配列 | | | 処理内容/ 解析ツール | concat | | | 出力データ | アセンブリングされたゲノム配列 | | Rice_Workflow_2 | | 解析目的 | アノテーション | | Rice_Workflow_2_1 | | | 解析目的 | Ab initio法により遺伝子領域予測する | | | Rice_Workflow_2_1_1 | | | | 解析目的 | 遺伝子領域モデル作成 | | | | 入力データ | 単子葉植物の遺伝子配列 | | | | 処理内容/ 解析ツール | 遺伝子領域モデル作成 | | | | 出力データ | 単子葉植物遺伝子領域モデル | | | Rice_Workflow_2_1_2 | | | | 解析目的 | リピート領域をマスクする | | | | 入力データ | ゲノム配列 | | | | 処理内容/ 解析ツール | リピート領域をマスクする | | | | 出力データ | リピート領域をマスクしたゲノム配列 | | | Rice_Workflow_2_1_3 | | | | 解析目的 | Ab initio法により遺伝子領域を予測する | | | | 入力データ | リピート領域をマスクしたゲノム配列 | | | | 入力データ | 単子葉植物遺伝子領域モデル | | | | 処理内容/ 解析ツール | FGENESH | | | | 処理条件 | 不完全なORFや50アミノ酸未満、細胞内小器官DNAは除く | | | | 出力データ | 遺伝子領域候補 | | Rice_Workflow_2_2 | | | 解析目的 | タンパク質機能予測 | | | Rice_Workflow_2_2_1 | | | | 解析目的 | 翻訳 | | | | 入力データ | 遺伝子領域候補 | | | | 処理内容/ 解析ツール | 翻訳 | | | | 出力データ | タンパク質配列 | | | Rice_Workflow_2_2_2 | | | | 解析目的 | タンパク質ドメイン/モチーフ予測 | | | | 入力データ | タンパク質配列 | | | | 処理内容/ 解析ツール | InterproScan | | | | 出力データ | タンパク質ドメイン/モチーフ | | | Rice_Workflow_2_2_3 | | | | 解析目的 | Gene Ontologyターム付け | | | | 入力データ | タンパク質ドメイン/モチーフ | | | | 処理内容/ 解析ツール | Interpro2GO | | | | 出力データ | Gene Ontologyターム | | Rice_Workflow_2_3 | | | 解析目的 | 転写産物構造比較により遺伝子領域予測する | | | Rice_Workflow_2_3_1 | | | | 解析目的 | 転写産物構造比較により遺伝子領域予測する | | | | 入力データ | タンパク質配列 | | | | データベース | 他モデル生物のタンパク質配列 | | | | 処理内容/ 解析ツール | blastp | | | | 出力データ | 遺伝子領域候補 | | | Rice_Workflow_2_3_2 | | | | 解析目的 | 転写産物構造比較により遺伝子領域予測する | | | | 入力データ | リピート領域をマスクしたゲノム配列 | | | | データベース | TIGR gene index | | | | 処理内容/ 解析ツール | homology search | | | | 出力データ | 遺伝子領域候補 | | | Rice_Workflow_2_3_3 | | | | 解析目的 | 転写産物構造比較により遺伝子領域予測する | | | | 入力データ | 遺伝子領域候補 | | | | データベース | Rice full-length cDNA | | | | 処理内容/ 解析ツール | homology search | | | | 出力データ | 遺伝子領域候補 | | | Rice_Workflow_2_3_4 | | | | 解析目的 | 遺伝子領域候補を組合せる | | | | 入力データ | 遺伝子領域候補 | | | | 入力データ | 遺伝子領域候補 | | | | 入力データ | 遺伝子領域候補 | | | | 処理内容/ 解析ツール | concat | | | | 処理条件 | Rice full-length cDNAや穀物ESTにマッチするがシロイヌナズナにマッチしない | | | | 出力データ | 遺伝子領域候補 | | Rice_Workflow_2_4 | | | 解析目的 | タンパク質機能予測 | | | Rice_Workflow_2_4_1 | | | | 解析目的 | 翻訳 | | | | 入力データ | 遺伝子領域候補 | | | | 処理内容/ 解析ツール | 翻訳 | | | | 出力データ | タンパク質配列 | | | Rice_Workflow_2_4_2 | | | | 解析目的 | タンパク質ドメイン/モチーフ予測 | | | | 入力データ | タンパク質配列 | | | | 処理内容/ 解析ツール | InterproScan | | | | 出力データ | タンパク質ドメイン/モチーフ | | | Rice_Workflow_2_4_3 | | | | 解析目的 | タンパク質機能予測 | | | | 入力データ | タンパク質配列 | | | | データベース | SwissProt | | | | 処理内容/ 解析ツール | blastp | | | | 出力データ | タンパク質機能 | | | Rice_Workflow_2_4_4 | | | | 解析目的 | タンパク質機能予測 | | | | 入力データ | タンパク質配列 | | | | データベース | 非冗長タンパク質データベース | | | | 処理内容/ 解析ツール | blastp | | | | 出力データ | タンパク質機能 | | Rice_Workflow_2_5 | | | 解析目的 | 非コードRNA領域予測する | | | Rice_Workflow_2_5_1 | | | | 解析目的 | tRNA領域予測する | | | | 入力データ | リピート領域をマスクしたゲノム配列 | | | | 処理内容/ 解析ツール | tRNAscan-SE | | | | 出力データ | tRNA領域候補 | | | Rice_Workflow_2_5_2 | | | | 解析目的 | miRNA領域予測する | | | | 入力データ | リピート領域をマスクしたゲノム配列 | | | | データベース | Rfam | | | | 処理内容/ 解析ツール | blastn | | | | 出力データ | miRNA領域候補 | | | Rice_Workflow_2_5_3 | | | | 解析目的 | snoRNA/スプライセオソームRNA領域予測する | | | | 入力データ | リピート領域をマスクしたゲノム配列 | | | | データベース | Rfam | | | | 処理内容/ 解析ツール | blastn | | | | 出力データ | snoRNA/スプライセオソームRNA領域候補 | | Rice_Workflow_2_6 | | | 解析目的 | 細胞内小器官ゲノム挿入の同定 | | | Rice_Workflow_2_6_1 | | | | 解析目的 | 細胞内小器官ゲノム挿入の同定 | | | | 入力データ | リピート領域をマスクしたゲノム配列 | | | | データベース | 葉緑体ゲノム配列 | | | | データベース | 葉緑体ゲノム配列 | | | | 処理内容/ 解析ツール | blastn | | | | 出力データ | 細胞内小器官ゲノム挿入 | | | Rice_Workflow_2_6_2 | | | | 解析目的 | 細胞内小器官ゲノム挿入の同定 | | | | 入力データ | リピート領域をマスクしたゲノム配列 | | | | データベース | 葉緑体ゲノム配列 | | | | データベース | 葉緑体ゲノム配列 | | | | 処理内容/ 解析ツール | MUMmer | | | | 出力データ | 細胞内小器官ゲノム挿入 | | Rice_Workflow_2_7 | | | 解析目的 | SNP同定 | | | 入力データ | リピート領域をマスクしたゲノム配列 | | | データベース | インディカ米ゲノム配列 | | | 処理内容/ 解析ツール | blastn | | | 出力データ | SNP候補 | | Rice_Workflow_2_8 | | | 解析目的 | SSR同定 | | | 入力データ | リピート領域をマスクしたゲノム配列 | | | 処理内容/ 解析ツール | Simple Sequence Repeat Identification Tool | | | 出力データ | SSR候補 |
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| Workflow Image |
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