| 解析目的 | ゲノム解析 |
| HumanNature2001_Workflow_1 |
| 解析目的 | 配列アセンブリング |
| HumanNature2001_Workflow_1_1 |
| | 解析目的 | 配列精度評価 |
| | 入力データ | ゲノム配列断片 |
| | 処理内容/ 解析ツール | Phred |
| | 出力データ | 配列精度評価 |
| HumanNature2001_Workflow_1_2 |
| | 解析目的 | 配列アセンブリング |
| | 入力データ | ゲノム配列断片 |
| | 入力データ | 配列精度評価 |
| | 処理内容/ 解析ツール | Phrap |
| | 出力データ | アセンブリングされたゲノム配列 |
| HumanNature2001_Workflow_2 |
| 解析目的 | アノテーション |
| HumanNature2001_Workflow_2_1 |
| | 解析目的 | GCアイランド同定 |
| | HumanNature2001_Workflow_2_1_1 |
| | | 解析目的 | GC含量計算 |
| | | 入力データ | ゲノム配列 |
| | | 処理内容/ 解析ツール | GC含量計算 |
| | | 出力データ | GC含量 |
| | HumanNature2001_Workflow_2_1_2 |
| | | 解析目的 | GCアイランド同定 |
| | | 入力データ | ゲノム配列 |
| | | 入力データ | GC含量 |
| | | 処理内容/ 解析ツール | Gardiner-Garden & Frommerの定義 |
| | | 出力データ | 配列アノテーション:GCアイランド候補 |
| HumanNature2001_Workflow_2_2 |
| | 解析目的 | リピート領域同定 |
| | 入力データ | ゲノム配列 |
| | データベース | RepBase (version 5.08) |
| | 処理内容/ 解析ツール | RepeatMasker (version 09092000) |
| | 出力データ | 配列アノテーション:リピート領域候補 |
| HumanNature2001_Workflow_2_3 |
| | 解析目的 | ゲノム断片配列重複の同定 |
| | 入力データ | リピート領域がマスクされたゲノム配列 |
| | 入力データ | リピート領域がマスクされたゲノム配列 |
| | 処理内容/ 解析ツール | blastn |
| | 処理条件 | 99.5%未満(for finished) or 98%未満(for unfinished) |
| | 出力データ | 配列アノテーション:ゲノム断片重複候補 |
| HumanNature2001_Workflow_2_4 |
| | 解析目的 | 非コードRNA領域の同定 |
| | 入力データ | ゲノム配列 |
| | データベース | 既知の非コードRNA配列 |
| | 処理内容/ 解析ツール | blastn |
| | 出力データ | 配列アノテーション:非コードRNA領域候補 |
| HumanNature2001_Workflow_2_5 |
| | 解析目的 | 遺伝子コード領域を同定/予測する(その1) |
| | HumanNature2001_Workflow_2_5_1 |
| | | 解析目的 | ゲノム配列上への既知遺伝子のマッピング |
| | | 入力データ | ゲノム配列 |
| | | データベース | Refseq |
| | | 処理内容/ 解析ツール | Spidey |
| | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | HumanNature2001_Workflow_2_5_2 |
| | | 解析目的 | ゲノム配列上への既知遺伝子のマッピング |
| | | 入力データ | ゲノム配列 |
| | | データベース | Refseq |
| | | 処理内容/ 解析ツール | Acembly |
| | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | HumanNature2001_Workflow_2_5_3 |
| | | 解析目的 | ゲノム配列上への既知遺伝子のマッピング結果の統合 |
| | | 入力データ | 遺伝子コード領域候補 |
| | | 入力データ | 遺伝子コード領域候補 |
| | | 処理内容/ 解析ツール | アノテーション結合 |
| | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| HumanNature2001_Workflow_2_6 |
| | 解析目的 | 遺伝子コード領域を同定/予測する(その2) |
| | HumanNature2001_Workflow_2_6_1 |
| | | 解析目的 | Ab initio法により遺伝子領域を同定/予測する |
| | | 入力データ | ゲノム配列 |
| | | 処理内容/ 解析ツール | Genscan |
| | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | HumanNature2001_Workflow_2_6_2 |
| | | 解析目的 | 転写産物構造比較により遺伝子構造を同定/予測する |
| | | 入力データ | 遺伝子コード領域配列 |
| | | データベース | mRNA配列データベース |
| | | データベース | EST配列データベース |
| | | データベース | Pfam |
| | | 処理内容/ 解析ツール | 配列比較 |
| | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | HumanNature2001_Workflow_2_6_3 |
| | | 解析目的 | オルタネイティブスプライシング遺伝子候補を同定/予測する |
| | | 入力データ | 遺伝子コード領域配列 |
| | | 処理内容/ 解析ツール | GeneWise |
| | | 出力データ | 配列アノテーション:オルタネイティブスプライシング遺伝子候補 |
| | HumanNature2001_Workflow_2_6_4 |
| | | 解析目的 | 転写産物構造比較とAb initio法を組合せた手法により遺伝子コード領域を同定/予測する |
| | | 入力データ | ゲノム配列 |
| | | 処理内容/ 解析ツール | Genie |
| | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | HumanNature2001_Workflow_2_6_5 |
| | | 解析目的 | 転写産物構造比較により遺伝子構造を同定/予測する |
| | | 入力データ | ゲノム配列 |
| | | データベース | Refseq (version 29 Sep. 2000) |
| | | データベース | SwissProt (release 39.6 30 Aug. 2000) |
| | | データベース | TrEMBL (release 14.17 1 Oct 2000) |
| | | データベース | TrEMBL_new (1 Oct 2000) |
| | | 処理内容/ 解析ツール | ホモロジー検索 |
| | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | HumanNature2001_Workflow_2_6_6 |
| | | 解析目的 | アノテーション結果の統合 |
| | | 入力データ | 遺伝子コード領域候補 |
| | | 入力データ | 遺伝子コード領域候補 |
| | | 処理内容/ 解析ツール | アノテーション結合 |
| | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| | HumanNature2001_Workflow_2_6_7 |
| | | 解析目的 | アノテーション結果の統合 |
| | | 入力データ | 遺伝子コード領域候補 |
| | | 入力データ | 遺伝子コード領域候補 |
| | | 処理内容/ 解析ツール | アノテーション結合 |
| | | 出力データ | 配列アノテーション:遺伝子コード領域候補 |
| HumanNature2001_Workflow_3 |
| 解析目的 | プロテオーム解析 |
| HumanNature2001_Workflow_3_1 |
| | 解析目的 | 遺伝子配列を翻訳する |
| | 入力データ | 遺伝子コード領域配列 |
| | 処理内容/ 解析ツール | 遺伝子配列の翻訳 |
| | 出力データ | タンパク質配列 |
| HumanNature2001_Workflow_3_2 |
| | 解析目的 | 機能予測 |
| | 入力データ | タンパク質配列 |
| | データベース | InterPro |
| | 処理内容/ 解析ツール | InterProScan |
| | 出力データ | 機能予測結果 |
| HumanNature2001_Workflow_3_3 |
| | 解析目的 | 他の生物種のタンパク質構成と比較する |
| | HumanNature2001_Workflow_3_3_1 |
| | | 解析目的 | 他の生物種のタンパク質構成と比較する(1) |
| | | 入力データ | タンパク質配列 |
| | | データベース | 非冗長性タンパク質配列データベース |
| | | 処理内容/ 解析ツール | blastp |
| | | 処理条件 | E-value < 0.001 |
| | | 出力データ | ホモログ候補 |
| | HumanNature2001_Workflow_3_3_2 |
| | | 解析目的 | 他の生物種のタンパク質構成と比較する(2) |
| | | 入力データ | ホモログ候補 |
| | | データベース | 非冗長性タンパク質配列データベース |
| | | 処理内容/ 解析ツール | PSI-BLAST |
| | | 処理条件 | 3反復, E-value < 0.001 |
| | | 出力データ | ホモログ配列 |
